Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://hdl.handle.net/11612/3804
Autor(a): Souza, Roseane Veras de
Orientador: Santos, Claudia C. Auler do A.
Título: Identificação polifásica e detecção simultânea por PCR Multiplex de patógenos presentes em tambaqui (Colossoma Macropomum) oriundo de diferentes sistemas de manejo
Palavras-chave: Peixe nativo; Amazônia; patógenos; identificação polifásica; mPCR; Native fish; Amazon; pathogens; polyphasic identification
Data do documento: 4-Fev-2022
Editor: Universidade Federal do Tocantins
Programa: Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Alimentos - PPGCTA
Citação: VERAS, Roseane Veras de. Identificação polifásica e detecção simultânea por PCR Multiplex de patógenos presentes em tambaqui (Colossoma Macropomum) oriundo de diferentes sistemas de manejo. 2022. 64f. Dissertação (Mestrado em Ciência e Tecnologia de Alimentos) – Universidade Federal do Tocantins, Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Alimentos, Palmas, 2022.
Resumo: A Região Amazônica se destaca na piscicultura com a produção de espécies nativas, em especial o tambaqui (Colossoma macropomum), espécie nativa de maior produção brasileira. Métodos rápidos e precisos de detecção de patógenos em pescado podem auxiliar no controle de qualidade microbiológica, promovendo a segurança alimentar e o desempenho da piscicultura no país. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi identificar os isolados bacterianos de tambaqui obtido de dois diferentes sistemas de manejo, utilizando análise polifásica. Ademais, adaptou-se um método multiplex de Reação em Cadeia da Polimerase para detecção simultânea das espécies Escherichia coli, Salmonella spp. e Staphylococcus aureus nas amostras de musculatura do pescado. Primeiramente, 470 isolados (181 de tanque-rede e 289 de viveiro escavado) provenientes de amostras de swab de pele, musculatura e água de cultivo de tambaqui foram caracterizados morfologicamente e bioquimicamente, agrupados de acordo com suas características fenotípicas. Dentre os isolados, 85 foram caracterizados e agrupados em 12 grupos distintos: cinco grupos pertencentes ao gênero Salmonella spp., dois grupos de Escherichia spp, dois de Staphylococcus spp. e três grupos característicos da família Enterobacteriaceae. De cada grupo, isolados representativos foram confirmados pelo sequenciamento da região 16S-23S rRNA, como pertencentes as espécies Salmonella tiphymurium, E. coli, S. aureus, Enterobacter cloacae, Enterobacter asburie e Pseudomonas aeruginosa, com similaridade entre 77-100%. O DNA de 30 amostras de musculatura de tambaqui de ambos os sistemas de manejo foi extraído e submetido a PCR multiplex, utilizando os primers específicos dos genes phoA, invA e nuc para detecção dos patógenos E. coli, Salmonella spp. e S. aureus, respectivamente, de forma simultânea em uma única reação. Na reação, Salmonella spp. foi detectada em cinco amostras, duas de tanque-rede e três de viveiro escavado. E. coli foi detectada em duas amostras de viveiro escavado. S. aureus não foi detectado em nenhuma das amostras. Os resultados obtidos na identificação polifásica dos isolados e na análise de PCR multiplex das amostras de musculatura do pescado, correlacionaram-se, portanto, a metodologia proposta tem potencial para ser utilizada como um método eficaz de detecção simultânea de patógenos, podendo impactar positivamente a cadeia produtiva de pescado nativo, e fornecer de forma rápida e eficiente informações sobre a qualidade microbiológica do mesmo.
Abstract: The Amazon region stands out in fish farming with the production of native species, especially the tambaqui (Colossoma macropomum), the species with the highest Brazilian production. Fast and accurate methods for pathogens detection in fish can help in microbiological quality control, promoting food safety and fish farming performance in the country. Therefore, the objective of this work was to identify the bacterial isolates of Tambaqui obtained from two different management systems, using polyphasic analysis. Furthermore, a multiplex Polymerase Chain Reaction method was adapted for the simultaneous detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Staphylococcus aureus species in fish musculature samples. First, 470 isolates (181 from net cages and 289 from excavated ponds) from swab samples of skin, musculature, and water from tambaqui culture were morphologically and biochemically characterized, being grouped according to their phenotypic characteristics. Among the isolates, 85 were characterized and grouped into 12 distinct groups: five groups belonging to the genus Salmonella spp., two groups of Escherichia spp, two of Staphylococcus spp., and three characteristic groups of the Enterobacteriaceae family. From each group, representative isolates were confirmed by sequencing the 16S-23S rRNA region as belonging to the species Salmonella tiphymurium, E. coli, S. aureus, Enterobacter cloacae, Enterobacter asburie, and Pseudomonas aeruginosa, with the similarity between 77-100%. DNA from 30 tambaqui musculature samples from both management systems was extracted and submitted to multiplex PCR, using specific primers for the phoA, invA, and nuc genes to detect the pathogens E. coli, Salmonella spp. and S. aureus, respectively, simultaneously in a single reaction. In the reaction, Salmonella spp. was detected in five samples, two from net cages and three from excavated ponds. E. coli was detected in two excavated pond samples. S. aureus was not detected in any of the samples. The results obtained in the polyphasic identification of the isolates and the multiplex PCR analysis of the fish musculature samples were correlated. Therefore, the proposed methodology has the potential to be used as an effective method of simultaneous detection of pathogens, which can positively impact the production chain of native fish, and provide quickly and efficiently information on the microbiological quality of fish.
URI: http://hdl.handle.net/11612/3804
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